Nexus-Format

 

 

einfaches Nexus-Format

#Nexus

BEGIN DATA;
DIMENSIONS NTAX=2 NCHAR=20;
FORMAT DATATYPE=DNA GAP=- MISSING=?;

MATRIX
Hund ATGAACCTCAG-CCTAAGGC
Katze ATGAAC-TCAGACCTAGGC?
;
END;


Es handelt sich hier um einen Datensatz der 2 Taxa mit jeweils maximal 20 Basen enthält. Die Sequenz ist eine DNA-Sequenz, bei der Lücken durch ein "-" und unbekannte Positionen durch ein"?" dargestellt werden.

 



Nexus-Format mit Implementierung für eine Analyse in MrBayes

#Nexus

BEGIN DATA;
DIMENSIONS NTAX=2 NCHAR=20;
FORMAT DATATYPE=DNA GAP=- MISSING=?;

MATRIX
Hund ATGAACCTCAG-CCTAAGGC
Katze ATGAAC-TCAGACCTAGGC?
;
END;


BEGIN MRBAYES;
LSET NST=6 RATES=GAMMA;
[nst=6 is the GTR model; gamma = gamma distribution; exakt Parameters will be estimated from the dataset and further optimized] MCMC NGEN=250000 PRINTFREQ=100 SAMPLEFREQ=1000;
[printfreq = how often a line is presented on the screen] end;



Bei diesem Beispiel wurde die selbe Sequenz wie zuvor verwendet. Zusätzlich wurden Parameter für eine Analyse festgelegt, sobald die Datei in Nexus ausgeführt wird. So wird eine Berechnung nach dem GTR-Modell mit gamma-Verteilung festgelegt. Es sollen 250.000 Generationen erstellt werden, von denen jede 100ste ausgegeben wird und jede 1.000ste als Probe festgehalten wird.

 

 

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